Fiscalidad de vender en Amazon desde España: la guía que te ahorra una sanción (o un bloqueo de cuenta)

Vender en Amazon desde España rara vez falla por el producto. Si fabricas algo bueno o tienes una marca con demanda, las ventas acaban llegando. Lo que tumba operaciones es otra cosa: pasar todos los requisitos para crear tu cuenta de vendedor en Amazon y, ya vendiendo, ir acumulando mes a mes un pasivo fiscal sin darte cuenta. IVA sin liquidar en países donde FBA te ha movido stock. Comisiones de Amazon contabilizadas con un criterio que dejó de valer en agosto de 2024. Y cuando levantas la cabeza, al pasivo se le han sumado los recargos, los intereses y una inspección con derecho a mirar cuatro años atrás.

Voy directo para no hacerte perder tiempo: en la venta transfronteriza vía Amazon, casi todos los problemas serios empiezan en la fiscalidad. Un error de configuración — darte de alta mal, quedarte fuera del OSS cuando ya deberías estar dentro, facturar con un sistema que Hacienda no va a aceptar — no avisa con suavidad. Termina en sanción, en deuda retroactiva o, en el peor de los casos, en fondos retenidos y cuenta suspendida. Y una cuenta suspendida no factura.

El panorama completo de cómo montar la operación está en la guía cómo vender en Amazon en 2026. Aquí bajamos solo a la fiscalidad, y en el orden en que muerde: estructura jurídica, alta censal y facturación, IVA transfronterizo y el tratamiento de las comisiones de Amazon. A lo largo del texto separo lo que dice la norma de lo que significa para tu dinero, porque ahí es donde la mayoría de guías te dejan solo.

En una frase: qué tienes que resolver fiscalmente para vender en Amazon desde España

Quien vende en Amazon desde España tiene que resolver cuatro frentes fiscales en paralelo: la estructura jurídica (autónomo o SL, con responsabilidad e impuestos distintos), el alta censal y la facturación (modelo 036 con epígrafe de comercio antes de la primera venta, y software de facturación propio preparado para VeriFactu, porque las facturas que Amazon emite por ti no te liberan de esa obligación), el IVA transfronterizo (alta en el ROI, régimen OSS a partir de 10.000 euros de ventas B2C al resto de la UE, y registro de IVA local en cada país donde FBA almacene tu stock) y el tratamiento de las comisiones de Amazon (que desde agosto de 2024 llegan con IVA español al 21%). Fallar cualquiera de los cuatro cuesta caro: sanciones, deuda fiscal retroactiva y riesgo de cuenta.

Vamos una a una, desde el alta del primer día hasta el IVA de la última factura de comisiones.

1. Autónomo o SL: la decisión que condiciona todo lo demás

Antes de vender una sola unidad necesitas estar dado de alta en Hacienda. El trámite es el modelo 036: alta censal indicando el epígrafe del IAE de tu actividad — para venta online el habitual es el 665, comercio al por menor por correo o por catálogo — y, ya que estás en el formulario, la casilla de alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios, que vas a necesitar (llegamos a ella en la sección 3). Amazon te pedirá esta documentación fiscal para verificar la cuenta, así que el orden correcto es alta primero, registro en Seller Central después.

A diferencia de otros países, en España la figura de autónomo vale perfectamente para operar en Amazon: la plataforma no te exige constituir sociedad. La decisión entre autónomo y SL es tuya, y conviene tomarla por dos variables: cuánto patrimonio expones y cuánto impuesto pagas cuando el negocio despega.

El autónomo es el arranque rápido y barato. Alta censal en Hacienda, alta en el RETA, y estás operando en días. La Seguridad Social además te lo pone fácil al principio: tarifa plana de 80 euros al mes durante los primeros 12 meses (algo más sumando el MEI), y después cuota por tramos según tus rendimientos reales — las tablas de 2026 quedaron congeladas en los niveles de 2025. El precio de esa simplicidad tiene dos caras. Una, la responsabilidad: como autónomo, tú y el negocio sois la misma persona, y respondes con todo tu patrimonio personal por cualquier deuda o reclamación de la actividad. En un negocio que vende producto físico a consumidores de varios países de la UE, esa exposición pesa. La otra, el IRPF: tu beneficio tributa en tramos progresivos cuyo marginal alto supera el 45% (el punto exacto depende de tu comunidad). Mientras validas el mercado no lo notas; cuando el negocio funciona, sí.

Un aviso específico para quien revende: si eres autónomo y vendes producto de terceros sin transformarlo, Hacienda te encuadra de oficio en el recargo de equivalencia, y con Amazon es mala combinación — entre otras cosas, el IVA que ahora llevan las tarifas de Amazon no te lo puedes deducir. Si fabricas tu propio producto o vendes con tu marca, no te aplica. Es un encuadre que conviene confirmar con tu gestor antes del alta, no después.

La SL invierte el cuadro. La sociedad es una persona jurídica distinta de ti y la responsabilidad queda, con carácter general, limitada al capital social. A cambio asumes contabilidad mercantil completa, cuentas anuales y un coste fijo de gestoría que pagas vendas o no vendas. Fiscalmente, el Impuesto sobre Sociedades es estructuralmente más ligero que los tramos altos del IRPF: el tipo general es del 25%, pero en 2026 una micropyme (menos de 1 millón de facturación) tributa al 19% por los primeros 50.000 euros de base y al 21% por el resto, y una entidad de nueva creación paga el 15% en su primer ejercicio con beneficio y el siguiente.

La lectura de negocio: el autónomo sirve para testar. La operación que quiere durar y exportar en serio vía FBA acaba en SL, porque el salto entre el marginal alto del IRPF y los tipos del IS libera caja para reinvertir en stock, que es donde este negocio crece. El resto de costes de la operación — tarifas, logística, publicidad — los tienes desglosados en cuánto cuesta vender en Amazon en 2026.

2. Facturación: las facturas que Amazon emite por ti no te cubren

Esta es la sección que más sustos evita en los próximos dos años, y la que más vendedores tienen mal montada. Empecemos por la trampa específica de Amazon.

El VAT Calculation Service (VCS) de Amazon genera facturas automáticas a tus clientes, con tus datos y tu logotipo. Parece resuelto. No lo está. Ante Hacienda, el emisor legal de esas facturas sigues siendo tú: la responsabilidad de emitir, numerar, conservar y declarar es tuya al cien por cien, y Amazon no actúa como tu software de facturación ante la AEAT ni ha confirmado que vaya a adaptarse a los nuevos requisitos españoles. El VCS resuelve el cálculo del IVA y la experiencia del cliente business que pide factura. Tu obligación de facturación, no.

Y esa obligación está a punto de endurecerse. El reglamento VeriFactu (Real Decreto 1007/2023) exige que los programas de facturación generen registros inalterables, con huella encadenada y código QR, y — en la modalidad VeriFactu — los remitan a la AEAT en el momento de emisión. Tras el aplazamiento aprobado en diciembre de 2025 (Real Decreto-ley 15/2025), el calendario vigente es: 1 de enero de 2027 para sociedades y 1 de julio de 2027 para autónomos. Los desarrolladores de software ya están obligados desde julio de 2025, así que las herramientas adaptadas existen. Quedan fuera quienes ya están en el SII. Y el incentivo para no jugártela es concreto: usar o simplemente tener instalado un programa de facturación que debiendo estar certificado no lo está se sanciona con 50.000 euros por ejercicio (artículo 201 bis de la LGT).

La traducción práctica para un seller con cientos de pedidos al mes: necesitas tu propio software de facturación, adaptado a VeriFactu, y conectado a Amazon por API para capturar cada pedido y emitir la factura de forma automática. Facturar a mano miles de pedidos B2C de bajo importe es inviable, así que la integración es, en la práctica, obligatoria. El aplazamiento a 2027 no es una prórroga para ignorar el tema: es el margen para montarlo bien, sin prisas y sin migrar en diciembre.

En paralelo corre la factura electrónica B2B de la Ley Crea y Crece, cuyo reglamento se aprobó en marzo de 2026 (Real Decreto 238/2026): obligará por fases a partir de 2027, primero a las empresas que facturan más de 8 millones y después al resto. Para ti hoy significa una sola cosa: al elegir software de facturación, elige uno que ya contemple VeriFactu y factura electrónica a la vez. Cambiar de sistema dos veces en dos años es tirar dinero y horas.

3. IVA transfronterizo: ROI, OSS y el stock que te crea obligaciones donde ni has pisado

Llegamos al terreno más técnico, y al que genera más deuda retroactiva. El IVA de una operación que cruza fronteras tiene varias capas, y cada una tiene su error típico.

Liquidas desde la primera factura

En España los tipos de IVA son tres: general del 21%, reducido del 10% y superreducido del 4%. Y un matiz que despista a muchos autónomos que empiezan: el régimen de franquicia de IVA para pequeños negocios — ese por el que quien factura menos de 85.000 euros no repercutiría IVA — no está en vigor en España a fecha de publicación. Lo que se aprobó en el Congreso en marzo de 2026 fue una proposición no de ley, sin valor normativo, y de hecho la Comisión Europea llevó a España ante el TJUE ese mismo mes por no transponer la directiva. Así que no hagas cuentas con él: repercutes y liquidas IVA desde la primera venta, con el derecho a deducir el soportado en tus compras.

El ROI: el alta que desbloquea operar en la UE

Para comprar y operar con empresas de otros países de la UE necesitas el alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI): se pide marcando la casilla 582 del modelo 036 y te da el NIF-IVA con prefijo ES, visible en el censo VIES. Sin él no puedes recibir facturas intracomunitarias sin IVA de tus proveedores europeos, y Amazon te lo pedirá en Seller Central en cuanto operes a nivel europeo. Del ROI cuelga además el modelo 349, la declaración recapitulativa donde se informan las operaciones intracomunitarias — incluidas, ojo, las transferencias de tu propio stock entre almacenes de FBA de distintos países. Hacienda espera el alta antes de la primera operación, y la concesión puede tardar y venir con revisión previa: pídelo con margen, no la semana que activas FBA europeo.

OSS y el umbral de los 10.000 euros

Para ventas B2C a consumidores de otros países de la UE, la regla es el umbral único de 10.000 euros de ventas anuales al conjunto de la UE. Por debajo, repercutes IVA español (21%). Por encima — y en Amazon eso llega en semanas —, pasas a aplicar la tasa del país del comprador.

Para no registrarte en cada país, te acoges al régimen OSS (ventanilla única): alta con el modelo 035 en la AEAT, y una declaración trimestral — el modelo 369 — donde consolidas el IVA de todos los países y la Agencia lo reparte. Dos detalles operativos: una vez dentro, el 369 se presenta aunque el trimestre salga a cero; y operar fuera del OSS pasados los 10.000 euros es un error sistémico, con deuda fiscal retroactiva en varios países a la vez.

El FBA cambia la naturaleza de la operación: aquí nacen los registros locales

Y ahora la excepción que aniquila la simplicidad del OSS. El OSS cubre ventas a distancia — la mercancía cruza la frontera después de la compra. El FBA cambia esto.

Cuando activas el FBA paneuropeo, Amazon reparte tu stock por centros logísticos de varios países (Alemania, Francia, Italia, Polonia, Chequia…). En el momento en que tu stock está almacenado en Alemania y un cliente alemán compra, eso deja de ser venta a distancia y pasa a ser venta doméstica alemana — y las ventas domésticas están excluidas del OSS. Consecuencia: cada país donde Amazon guarda mercancía tuya te obliga a registrarte de IVA en ese país, con sus declaraciones locales y sus plazos. El OSS te sigue sirviendo para las ventas a distancia; los registros locales se le suman, no lo sustituyen. Por eso muchos vendedores limitan el FBA a los mercados que controlan, o arrancan con el programa europeo básico, para no disparar registros de IVA por media Europa de golpe. La estrategia de expansión por marketplaces la desarrollo en el pilar de cómo vender en Amazon en 2026; y ten presente que la expansión toca también el registro de envases de cada país (LUCID en Alemania, entre otros), donde lo fiscal se cruza con lo ambiental — el detalle está en el artículo sobre PPWR y EPR en Amazon 2026.

IVA de la importación: el diferimiento que libera caja

Cuando importas de Asia, la aduana exige el IVA a la entrada de la mercancía en la UE. Un contenedor con valor en aduana de 80.000 euros genera 16.800 euros de IVA a pagar en el puerto, meses antes de vender una sola unidad. Eso estrangula la tesorería.

La solución es el IVA diferido a la importación (artículo 167.Dos de la LIVA): en lugar de pagar en la aduana, incluyes la cuota en tu modelo 303 y la deduces en la misma declaración — impacto financiero neutralizado. Tiene una condición estructural: solo puedes acogerte si tu periodo de liquidación es mensual (en la práctica, estando inscrito en el REDEME), y la opción se ejerce en el mes de noviembre anterior al año en que surte efecto, marcando la casilla 530 del 036. Traducción: si importas volúmenes relevantes, planifica el régimen mensual antes de necesitarlo, no después.

4. Las comisiones de Amazon: mira quién te factura antes de contabilizar

Por último, un detalle que sigue mal explicado en media internet, incluidas guías de gestorías. Durante años, las comisiones de Amazon llegaban desde Luxemburgo sin IVA, con inversión del sujeto pasivo: te autorrepercutías el IVA en el modelo 303 y declarabas la operación en el 349. Muchos siguen contabilizando así. Y para un vendedor establecido en España, ese criterio caducó.

Desde el 1 de agosto de 2024, los servicios de venta los presta Amazon EU S.à r.l., y a los vendedores establecidos en España les factura su sucursal en España: la comisión que te cobra Amazon ya no es una operación intracomunitaria, es una factura española con su 21% de IVA, que deduces en el modelo 303 como cualquier otro gasto doméstico. Ni autorrepercusión ni 349 para esas facturas.

El matiz que salva la contabilidad: no todo lo que te factura el grupo Amazon sigue ese camino. Según el servicio y la entidad emisora, todavía pueden llegarte facturas desde Luxemburgo u otro país sin IVA, que sí se tratan con inversión del sujeto pasivo y sí van al 349. La regla operativa es no asumir un tratamiento único: en cada factura, mirar quién emite y con qué NIF, y contabilizar según eso. Es un repaso que tu gestor puede sistematizar en una hora al mes, y que evita dos errores caros a la vez — deducir un IVA que no procede y dejar sin declarar operaciones intracomunitarias reales.

Dónde te deja esto

Fíjate en lo que hemos recorrido: estructura, alta, facturación, IVA en tres capas y el criterio correcto para las comisiones. Todo esto se suele despachar como “la parte aburrida del final”, y ahí es donde se pierde el dinero. Estas frentes son la misma infraestructura invisible que decide si tu operación en Amazon aguanta una inspección y un pico de ventas sin romperse.

Si vendes o vas a vender, esta es la revisión de este trimestre, en orden: que tu alta censal y tu epígrafe reflejan lo que haces de verdad; que el ROI está concedido y el NIF-IVA aparece en VIES; que si superaste los 10.000 euros de ventas UE estás dentro del OSS y el 369 sale cada trimestre; que tu software de facturación está adaptado a VeriFactu o tiene fecha para estarlo antes de 2027; que sabes en qué países tienes stock y en cuáles estás registrado de IVA — y que las dos listas coinciden; y que las facturas de comisiones de Amazon están contabilizadas con el criterio de 2024, no con el de antes.

La diferencia entre las dos empresas que veo no está en el producto. Está aquí. Una monta el alta bien, factura con software preparado desde el primer pedido, entra en el OSS antes de que el umbral la pille y registra el IVA local antes de encender el paneuropeo. Crece con la cuenta limpia. La otra vende primero y “arregla los papeles después” — y descubre todo el pasivo de golpe, con Amazon reteniendo fondos y Hacienda mirando cuatro años atrás. Vender era la parte fácil. La fiscalidad era donde se jugaba la partida.

¿Puedes vender en Amazon desde España? Casi cualquier empresa con buen producto puede — y si todavía estás decidiendo, tienes el análisis completo en ¿merece la pena vender en Amazon?. La pregunta que decide el negocio es otra: ¿tu fiscalidad aguanta una inspección y tu cuenta está protegida de un bloqueo por configuración mal hecha? Si no sabes responder con certeza, ahí tienes tu próximo trabajo — y es mejor hacerlo ahora que con la cuenta ya suspendida.

Si eres fabricante o marca y estás montando tu operación en Amazon — o ya vendes y sospechas que la base fiscal no está bien montada —, puedo decirte exactamente dónde estás expuesto antes de que se convierta en sanción o en bloqueo.

Es la fase Review de mi método R.O.I. (Review, Optimize, Implement): un diagnóstico que te dice si tu estructura es la correcta, si tu facturación va a aguantar VeriFactu, si estás en el régimen de IVA que te corresponde y dónde está tu riesgo de cuenta. En lenguaje de negocio, no de gestoría ni de agencia. Sin compromiso de seguir conmigo después. Trabajo con una sola marca por nicho a la vez, así que el diagnóstico también te dice si encajamos.

Mira cómo funciona en la página de servicios, o escríbeme con tu categoría y el marketplace donde vendes, y te digo por dónde te está dejando expuesto tu base fiscal.

Fuentes

• Aplazamiento de VeriFactu a 2027 (RDL 15/2025): sociedades 1 de enero de 2027, autónomos 1 de julio de 2027. Noticias Jurídicas · KPMG — Tax Alert RDL 15/2025 · Verifactu.com — plazos
• VCS de Amazon y VeriFactu: el vendedor sigue siendo el emisor legal; Amazon no actúa como software de facturación ante la AEAT. Agencia Amazon 360 · Kuspide — VeriFactu y Amazon · Quaderno — Amazon FBA y Verifactu
• Sanción del artículo 201 bis LGT: 50.000 € por ejercicio para usuarios de software no certificado (150.000 € para desarrolladores); exclusión del SII. SuperContable — art. 201 bis LGT · AEAT — FAQ sistemas informáticos de facturación · CE Consulting — sanciones Verifactu
• Factura electrónica B2B (Ley Crea y Crece): RD 238/2026 publicado en BOE el 31 de marzo de 2026, obligación por fases desde 2027. Iberley — publicado el RD en el BOE · Quipu — Ley Crea y Crece y factura electrónica
• Impuesto sobre Sociedades 2026: 25% general; micropymes 19% primeros 50.000 € / 21% resto; nueva creación 15%. Wolters Kluwer — IS 2025-2026 · FacturaDirecta — IS 2026 pymes y micropymes
• Cuota de autónomos 2026 congelada (RDL 16/2025) y tarifa plana de 80 €/mes. Infoautónomos — cuota de autónomos 2026 · Infoautónomos — tarifa plana
• Alta censal, modelo 036 y epígrafe IAE 665 para venta online; obligaciones fiscales del vendedor Amazon. Ecom Advisory — fiscalidad de vender en Amazon · Fiscalbot — modelo 036
• ROI / VIES: alta por casilla 582 del modelo 036, NIF-IVA y modelo 349. AEAT — identificación para operaciones intracomunitarias · AEAT — guía modelo 036, ROI
• OSS: umbral de 10.000 €, alta con modelo 035 y declaración trimestral modelo 369. SuperContable — modelos 035 y 369 · Comisión Europea — VAT One Stop Shop
• FBA, stock en otro país y obligación de registro local de IVA. hellotax — OSS para Amazon y FBA
• IVA diferido a la importación (art. 167.Dos LIVA): régimen mensual/REDEME, opción en noviembre, casilla 530 del 036. AEAT — guía modelo 036, ingreso cuotas IVA importación · SuperContable — diferir el IVA a la importación · Taric — solicitud IVA diferido 2026
• Franquicia de IVA (85.000 €): no implantada en España; PNL de marzo de 2026 sin valor normativo; España demandada ante el TJUE por no transponer. ProDespachos — el IVA franquiciado no está aprobado · Infoautónomos — entrada en vigor del IVA franquiciado
• Cambio de entidad facturadora de Amazon (1 de agosto de 2024): Amazon EU S.à r.l. y facturación por sucursal local con IVA nacional. Seller Central — novedades en los acuerdos de Amazon en la UE y tratamiento del IVA · Infoempresa — Amazon EU S.à r.l., Sucursal en España · Accountali — facturas con IVA español de Amazon

Aviso: este artículo tiene carácter meramente informativo y refleja el marco fiscal vigente a fecha de publicación. No constituye asesoramiento fiscal ni sustituye, en ningún caso, el análisis de un asesor fiscal o gestor colegiado sobre tu situación concreta. Antes de tomar cualquier decisión, confírmalo siempre con un profesional.